В статье рассматриваются теоретические и методические аспекты формирования системы процессно-ориентированного бюджетирования на предприятиях рыбоперерабатывающей промышленности как фактора повышения эффективности регионального рыбохозяйственного комплекса. Актуальность исследования обусловлена необходимостью повышения эффективности использования ресурсов и устойчивости функционирования предприятий в условиях нестабильности сырьевой базы, сезонности и внешнеэкономической неопределённости.Научная проблема заключается в недостаточной интеграции инструментов управления бизнес-процессами и финансового планирования при оценке эффективности деятельности предприятий, особенно с позиции формирования экономической добавленной стоимости и эффективности использования капитала. Целью исследования является разработка методических положений процессно- ориентированного бюджетирования и обоснование его влияния на операционную, финансовую и инвестиционную эффективность предприятий. Методология исследования основана на применении системного анализа, экономической диагностики и моделирования бизнес-процессов. Эмпирическую базу составили данные рыбоперерабатывающих предприятий Калининградской области. Результаты исследования показывают, что внедрение процессно-ориентированного бюджетирования обеспечивает рост оборачиваемости активов, повышение рентабельности и эффективности использования капитала, что выражается в формировании положительной экономической добавленной стоимости и росте эффективности регионального рыбохозяйственного комплекса.